『FLY！BOYS,FLY! 僕たち、CAはじめました』

朝川千空（永瀬廉）は、幼い頃の初恋がきっかけでCAを志す新人訓練生。同じ男性クルーで元自衛官の郷田勇一（岐洲匠）、ゲイの黛正太郎（小越勇輝）、さらに元モデルの早乙女薫（北村匠海）とともに、これから始まる訓練に胸を躍らせていた。しかし接客以外にも、機内清掃やセキュリティーチェックなど、CAの業務は膨大で、薫以外の３人は研修初日からあたふた。それを見た大島彩花（高橋春織）たち女性クルーから、辛辣（しんらつ）な言葉を浴びせられてしまう。

そんななか、千空は偶然知り合ったパイロット候補生・高山つばさ（黒島結菜）の訓練に出くわし、その真剣な表情に目を奪われる。つばさもまた、女性パイロットという
狭き門に挑んでいたが、副操縦士の試験を前に壁を越えられず苦しんでいた。
それでも前を向くつばさの姿に、千空は負けられないと意を決し、
その気持ちはいつしか恋心に。

2カ月後、晴れてCAになった千空たちは、ついに初フライトを迎える。一同は順調に業務をこなすが、薫は研修後に指導教官の霧沢麗子（真飛聖）から指摘された、CAとして自分に欠けている“あるもの”について模索していた。「千空とフライトすれば、いい勉強になる」――その言葉の意味を考える薫。

やがて飛行機は、フライトを終えて目的地に到着。降りていく乗客を見送っていた千空は、一人の女性が座席のまわりで何かを探していることに気付く。娘の人形の首についていた小さなネックレスがなくなったと聞いた千空は……。